BTミサイルとは、箱庭諸島S.Eに存在するミサイルの一種。
BTミサイル発射で発射できるミサイル。1発につき300億円必要。着弾地点を汚染土壌にする。誤差は1ヘックス。
また、怪獣に命中すると突然変異して別の怪獣に変化する。その際、体力はその怪獣に合わせて回復する。その島に本来出現しない強さの怪獣も出現する。
これを利用し、バトルフィールドを埋め尽くすかおくとを別のより強い怪獣に変化させて倒すために使われることが稀にある。
