海底首都(かいていしゅと)とは、Hakoniwa R.A.に存在する地形の一つである。
周囲2Hexに16箇所以上都市系施設のあり、自宅と隣接している海底新都市が3分の1の確率で変化して出来る。最大人口400000人。周囲1Hexに飛んできたミサイルを無効化する。
首都及び海底首都がないと輝ける都市・島役所の建設が出来ない。
都市系施設唯一のユニーク地形。名前を自由に変えられる。なお、一つの島に一ヶ所しか設置できない。