特殊都市に潜む罠とは、箱庭諸島 GSで特殊都市を作成した場合、宇宙ステーションを所持していない島に、Lv.A・B・Cの怪獣が発生してしまう罠である。
特殊都市(森林都市工業都市油田都市など)などは便利ではあるが、それを過剰使用させないための罠である。宇宙ステーションを所持していない島にも、Lv.A・B・Cの怪獣(魔獣など)が発生・出現するようになっている。